استمرت الصراعات بعد تفكك الاتحاد السوفيتي من عام 1988 حتى عام 1994.

أصبحت قضية قره باغ معقدة؛ بسبب تركيبة السكان العرقية في المنطقة, وقيام أرمينيا بالسيطرة على المنطقة, وأعلنت بأن ناغورنو قره باغ إقليماً ذاتي الحكم تحت إدارة أرمينيا. وهذا ما اعتبرته أذربيجان تهديداً لسلامة أراضيها مما أدى إلى اندلاع الصراع بينهما.

قاتلت أذربيجان لاستعادة أراضيها بدعم من جنود الأتراك؛ حيث قدّم الجنود دعماً دبلوماسياً ولوجستياً لأذربيجان، بالإضافة إلى مساعدات تدريبية للجيش الأذربيجاني.

قاتل جنود الأتراك الشجعان إلى جانب الجيش الأذربيجاني في قره باغ وحققوا العديد من النجاحات, وبعد 44 يوما من المعارك الضارية استعادت آذربیجان العديد من أراضيها التي تمتلك أهمية استراتيجية, كما استعادت السيطرة على منطقة ناغورنو قره باغ. تمكن جنود الأتراك من تحقيق هذا النجاح بفضل شجاعتهم وقدراتهم.